由于地质结构复杂，地下水采样点的设置也十分复杂。目前，地下水监测以浅层地下水（又称潜水）为主，应尽可能利用各水文地质单元中原有的水井（包括机井）。还可对深层地下水(也称承压水）的各层水质进行监测。
(1) 背景值监测点的设置。根据区域水文地质单元状况和地下水主要补给来源，在污染区外口地下水水流上方垂直水流方向，设置一个或数个背景值监测井，监测井应尽量远离城市居民区、工业区、农药化肥施放区、农灌区及交通要道。
(2) 污染控制监测井的布设。首要考虑因素是污染源的分布和污染物在地下水中的扩散形式。此外，还应考虑环境水文地质条件、地下水开采情况及区域水化学特征等因素。污染控制监测并的布设可采用点面结合的方法，监测重点是供水水源地保护区。